O Controle Interno da Prefeitura tem como competência acompanhar e fiscalizar os atos da administração pública, garantindo que tudo esteja de acordo com a lei e as normas aplicáveis. Ele verifica a execução do orçamento, das despesas, contratos e licitações, avaliando sempre a legalidade, a eficiência e a economicidade dos recursos utilizados. Também é função do controle interno elaborar relatórios e pareceres, apontando eventuais falhas ou irregularidades e sugerindo melhorias.

Além disso, deve orientar os gestores sobre prazos e procedimentos legais, apoiar na prestação de contas e ter acesso a todos os documentos necessários para exercer sua função. O controle interno pode realizar auditorias internas, identificar riscos e comunicar irregularidades graves tanto ao gestor municipal quanto, se preciso, aos órgãos de controle externo como o Tribunal de Contas ou o Ministério Público.